O novo coronavirus, SARS-CoV-2, apareceu em meados de dezembro de 2019. Essa doença viral já se espalhou para mais de 210 países com um número crescente de pessoas infectadas e mortas. Além disso, a transmissão do SARS-CoV-2 se dá entre humanos, o qual sobrevive em diferentes superfícies por um longo período.
Os coronaviroses (CoVs) são causados por um vírus do tipo RNA de fita única. São exemplos de síndrome respiratória aguda causada por coronavirus: a SARS-CoV e a síndrome respiratória do oriente médio (MERS-CoV). O genoma da SARS-CoV-2 compartilha cerca de 79% com a SARS-CoV e 50% com a MERS-CoV. Usando técnica de modelagem por homologia, o atual vírus apresenta, junto com seu antecessor, uma estrutura de ligação na polimerase RNA-dependente RNA (RdRp), necessitando de um molde de RNA para produzir RNA viral, esse domínio é essencial para replicação viral e um potencial para drogas anti-SARS.
Utilizando-se de docking molecular para elucidar a interação de três drogas: Galidesivir, Favipiravir e Pencioclovir, a análise revelou um número significativo de interações de proteína-ligante, incluindo ligações de hidrogênio e interações hidrofóbicas. Galidesivir (A) estabelece quatro interações hidrofóbicas e seis ligações de hidrogênio com a RdRps. Favipiravir (B) estabelece sete interações hidrofóbicas e cinco ligações de hidrogênio. Penciclovir (C) estabelece cinco interações hidrofóbicas e sete ligações de hidrogênio. O que chama a atenção é que todas essas três drogas interagem com o centro catalítico formado por Asp760 Asp761 (abreviatura para o aminoácido aspártico).
Fonte: Zhang, Wen-Fa et all.
Note como o agrupamento trifosfatado está presente em ambas as moléculas e a presença de anéis de carbono com nitrogênio, isso tudo é sinal que a proposta de uma nova droga deve contê-los, indicando um caminho a ser trilhado com uma lanterna, diferentemente de partir às cegas em busca de uma promessa. Como a RdRps é bem conservada nos coronavirus, há a possibilidade de uma droga “universal” que tenha efeito na maioria dos vírus dessa família, dando, assim, uma resposta rápida a surtos futuros.
Bibliografia:
BASIL, USP. Modelagem e Engenharia de Proteínas. Disponível em: http://www.gradadm.ifsc.usp.br/dados/20102/FFI0776-1/Aula_06_Docagem_molecular.pdf. Acesso em: 26 de junho de 2020.
Zhang, Wen-Fa et all. Novel Coronavirus Polymerase and Nucleotidyl-Transferase
Structures: Potential to Target New Outbreaks. ACS physical chemistry, 2020.
Wang, M et all. Remdesivir and chloroquine effectively inhibit the recently emerged novel coronavirus (2019-nCoV) in vitro. Cell Res, 2020.